Ngày nay, do việc đánh bắt cá thái quá tại nhiều nơi, nên bồ nông chân hồng buộc phải di chuyển những khoảng cách lớn để tìm thức ăn. Bồ nông chân hồng bị săn bắt vì nhiều lý do. Túi của chúng được sử dụng làm túi đựng thuốc lá, da bị thuộc để làm da thuộc, phân của chúng dùng làm phân bón, còn mỡ bồ nông non được dùng trong y học cổ truyền tại Trung Quốc và Ấn Độ. Sự can thiệp của con người, sự mất đi môi trường kiếm ăn và khu vực sinh sản, cùng ô nhiễm tất cả đều góp phần vào sự suy giảm quần thể bồ nông chân hồng.

Bồ nông chân hồng là một trong số các loài mà Hiệp định về Bảo tồn Thủy điểu di trú Á Âu-Phi (Agreement on the Conservation of African-Eurasian Migratory Waterbirds - AEWA) được áp dụng. Bồ nông chân hồng được phân loại là ít quan tâm trong Sách đỏ IUCN 2006 và được liệt kê trong các Phụ lục I và II của Công ước về các loài di trú. Nó cũng được liệt kê trong Phụ lục II của Công ước Berne về Bảo tồn Sự sống hoang dã châu Âu và môi trường sống tự nhiên và trong Phụ lục I của Chỉ thị về chim của EC.